Treize conseils centraux répartis sur tout le territoire québécois regroupent les syndicats affiliés à la CSN, par région. Les conseils centraux sont appelés à intervenir sur des enjeux régionaux et sur des thématiques développées par la CSN à travers les campagnes qu’elle mène. C’est dans ces lieux de débat et de concertation syndicale et populaire que s’organise et se manifeste la solidarité régionale. Les conseils centraux ont leurs propres instances, les assemblées générales, et ils tiennent des congrès d’orientation, tous les trois ans, pour définir leur plan de travail.
Les conseils centraux aident les travailleuses et les travailleurs à s’organiser en syndicat et ils offrent de la formation aux militantes et militants des syndicats. Ils assument également une responsabilité de représentation politique en siégeant à diverses instances ayant une incidence économique, politique ou sociale, tels les conseils régionaux des partenaires du marché du travail.